水冷冷藏集装箱主要用来运输一些需要冷冻保护的货物，例如肉类、海鲜类、瓜果蔬菜类。为保证运输的货物的新鲜度，水冷冷藏集装箱对于制冷系统的要求非常的严格。
水冷冷藏集装箱的制冷系统要确保，所装运易腐货物的运输品质，满足货主的不同要求。这是非常的关键的，货主使用水冷冷藏集装箱运输货物的主要目的就是防止货物腐败，保持货物的新鲜度。
水冷冷藏集装箱的制冷系统，也需要可以对其制冷量进行一定范围内的不间断的调节。冷藏集装箱内的货物的情况随时在变化，只有可以调节，才能保证车厢内的环境维持在相同的水平。
水冷冷藏集装箱的制冷系统对于箱内温度和湿度的控制能力，应该可以达到一定的精度。有些货物对于温度和湿度比较的敏感，比如瓜果蔬菜类，温度高不能保鲜，温度低会抑制其呼吸作用，需要将温度调节到相对合适。
水冷冷藏集装箱的制冷系统还需要适量的换气能力，保证箱内的乙烯和二氧化碳浓度维持在一个比较合适的状态。这主要是针对会释放乙烯的瓜果蔬菜类物质，有些瓜果对于乙烯比较敏感，在乙烯的作用下快速成熟，导致瓜果的质量下降。